Bactéries du genre Vibrio dans les bassins ostréicoles français

Dans un contexte de mortalité des huîtres en constante évolution, il apparait important de mieux appréhender le compartiment bactérien des sites ostréicoles et de suivre plus particulièrement les vibrions. C’est ce que proposent les centres techniques et le laboratoire départemental LABEO Manche dans le cadre d’un programme initié en 2014.

Contexte

Après le contexte de mortalité virale touchant les naissains d’huîtres Crassostrea gigas, est apparue progressivement une problématique de mortalité associée aux bactéries et plus précisément aux vibrions touchant les classes d’âge supérieures. Si Vibrio aestuarianus semble être majoritairement associé à ce phénomène, la question plus globale du contexte de son émergence reste entière. Aussi, existe-il un lien entre les deux phénomènes ? La pression des mortalités virales favorise-t-elle à terme l’émergence des vibrions pathogènes ? Voici autant de questions qui se posent.

Cadre de l’étude

Très rapidement, dès 2009, les centres techniques régionaux CEPRALMAR, CREAA, SMIDAP et SMEL se sont mutualisés pour suivre le phénomène de mortalité virale chez les naissains d’huîtres dans le cadre d’un réseau sentinelle permettant l’observatoire de grands bassins d’élevage en France. L’implantation de ces centres a permis de suivre le bassin de Thau en Méditerranée, les sites de La Mortanne et de La Flotte en Poitou-Charentes, de la Bernerie en Pays de la Loire et des sites Bas-Normands de Blainville-sur-mer et St Vaast-la-Hougue. Ce réseau a permis d’étudier la dynamique des mortalités du naissain d’huîtres et la dynamique de certains pathogènes associés au phénomène (OsHV-1 mais également déjà, des bactéries du genre Vibrio : V. splendidus et V. aestuarianus). Ce réseau sentinelle, vu le contexte évolutif des mortalités aux autres classes d’âge, s’est progressivement développé sur des cycles entiers d’élevage, dans les régions concernées. Très vite il est apparu qu’il était nécessaire de développer le champ d’investigation aux vibrions.

Nouvelle approche

Les suivis des agents pathogènes réalisés jusqu’alors étaient réalisés en ciblant précisément des espèces connues grâce à l’outil de biologie moléculaire d’analyse en PCR quantitative (identification par le biais d’une reconnaissance de gènes spécifiques, amplification et quantification de ces derniers pour évaluer les quantités en présence).

L’approche retenue ici, repose sur une observation plus globale de l’ensemble des germes présents dans les huîtres en élevage afin de mieux comprendre pourquoi certains germes infectieux sortent du lot et provoquent des mortalités. Cela nécessite de pouvoir observer une grande partie des bactéries présentes, ce qui, par le biais de la biologie moléculaire, s’avère fort onéreux. Cette approche globale a donc été développée à partir d’une méthode moins coûteuse d’identification des souches bactériennes.

Principe de la méthode

La méthode utilisée ici est la spectrométrie de masse MALDI-TOF permettant l’identification des micro-organismes en fonction de leur composition en protéines. Cette méthode a pu être appliquée au Réseau des Centres Techniques grâce à l’existence d’un tel outil au sein du laboratoire départemental LABEO Manche. Ce dernier, ayant validé l’outil en collaboration étroite avec le Laboratoire National de Référence de l’Ifremer La Tremblade, a pu constituer une base de données de reconnaissance contenant plus de 150 souches représentant plus de 50 espèces de vibrions.

Application de cette méthode innovante

Ainsi depuis 2014, des huîtres du réseau sentinelle mises en élevage à partir d’un lot unique de captage, sont régulièrement analysées au printemps (avant l’apparition des mortalités de naissain), pendant le pic de mortalité du naissain, en plein été quand les températures des masses d’eau sont les plus élevées et en fin d’automne de chaque année. En fonction des pratiques d’élevage des différents secteurs étudiés, trois classes d’âge au maximum sont concernées par ces analyses (1^ière, 2^nde et 3^ième année d’élevage).

Résultats attendus

L’ensemble des résultats autorise d’étudier l’écologie de la flore vibrionaceae. Ainsi, l’influence de facteurs comme les sites, l’âge des huîtres ou le facteur temporel sur les variables charge bactérienne totale et diversité des espèces rencontrées est étudié. Ce travail a pour objectif de mieux connaitre les caractéristiques des différents sites ostréicoles afin de déterminer s’il existe des spécificités ou des similitudes, d’appréhender si une huître s’imprègne de cette flore bactérienne au cours de l’élevage depuis son transfert du bassin de naissance au site de production et à terme d’aider à mieux comprendre les conditions d’apparition de maladies provoquées par les vibrions.

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